Полный текст статьи про ошибки MySQL...
1. Отсутствие индексов: Самая частая причина медленных SELECT-запросов.
2. Использование VARCHAR(255) "на всякий случай".
3. Хранение данных в неправильном формате (например, дат в виде строки).
4. Отсутствие нормализации.
5. Игнорирование InnoDB и использование MyISAM.